서울시교육청(교육감 조희연)은 지난 해 9월 하나학원 및 하나고등학교에 대한 특별감사를 실시했으며, ‘신입학 및 전·편입학생 입학전형자 성적조작 의혹, 신규교원 채용 시 공개채용 절차를 위배한 사실’ 등을 확인 한 뒤 같은 해 11월 16일 총 7건의 위법 사항 등에 대해 검찰에 고발했다.

그러나 현재 언론보도 내용을 보면, 검찰은 이에 대해 대부분 불기소 처분한 것으로 보도 되고 있으며, 만약 보도 내용이 사실이라면 감사 결과 드러난 위법 사항 등을 모두 불기소 처분한 것에 대해 유감을 표명했으며, 수사 결과 내용을 검토한 후 항고할 예정임을 밝혔다.

현재 서울시교육청은 검찰로부터 수사결과를 정식으로 통보 받지는 못한 상태이다.